2008年8月23日，考古人员在南京大报恩寺遗址两口古井的中间发现了神秘的砌砖，每一处大概只有4平方米，砌法非常细致，还做出了台阶的形状，很精美。
2008年8月25日下午，记者在大报恩寺遗址考古工地看到，考古人员挖取的探方并不大，左右各十来平方米，但都已经接近2米深，整齐的砌砖就在2米左右的深处。所有的青砖并不是平躺着，而是侧立的，方向不同，中间用白石灰做黏合剂。两处砌砖都不大，左边的一处还砌成了台阶状，面东朝西。
考古专家告诉记者，这处砖砌台阶，虽然也在宣德、永乐两块碑的中轴线上，但并不是大报恩寺的一部分，应该是前朝的遗物。“这并不奇怪，大报恩寺遗址上，曾经发现过六朝的古墓，发现过前朝的很多遗迹。从六朝开始，大报恩寺遗址上建筑更替频繁，南唐时期，这里甚至一度沦为军营庐舍。”
有专家认为：当年建大报恩寺时，特意砌筑了一个2米高的正殿基，这个地宫应该就在正殿基上。如今这个正殿基已经成了平地，肯定是没有了。还有专家认为，600年过去，大报恩寺遗址上变化万千，而且明清的地宫一般是风水地宫，并不是用来藏宝的，就算有地宫也是空的。但南京市博物馆的考古专家们似乎并没有就此放弃，现场的一位工作人员告诉记者：“有专家认为大报恩寺地宫依然在中轴线上，不排除在这里的可能，所以，我们现在还在考古勘探。这里目前看来是大报恩寺遗址，但是不是大报恩寺地宫，还要进一步考古勘探。”
