供奉玄奘顶骨的大报恩寺在清末毁于战火后，玄奘顶骨便一直不知所踪。1942年2月23日，当时笃信佛教的日军队长高森隆介在南京中华门外雨花台旁建神社时，无意中挖掘到地宫，并从中找到一只锦盒，里面密藏着唐僧顶骨。消息公布后，被世人质疑：唐僧圆寂于长安，怎么会在南京发现他的顶骨？

　　在挖掘地发现的石函内，有众多佛像、佛器及珠宝，石函两侧刻有记载唐僧顶骨迁移的渊源文字，与文献所记载一模一样。

　　石函一侧有铭文：“大唐三藏大遍觉法师玄奘顶骨，早因黄巢废塔，今长干演化大师可敌政于长安传得，于此葬之。天圣丁卯二月五日同缘弟子唐文遇、弟文德、文庆、弟子丁洪审、弟子刘文进、弟子张霭。”

　　另一侧的铭文为：“玄奘法师顶骨塔，初在天津禧寺之东岗，大明洪武十九年受菩萨戒弟子广福……普觉迁于寺之南岗三塔之上……”这些在《建康志》、《新金陵志》上都有记载。人们这才确信，锦盒里保存的真的是唐僧顶骨。石函出土后，陪葬品被哄抢一空，日寇将唐僧顶骨打碎成多份掠至日本。

　　1999年，供奉在南京灵谷寺的顶骨又分了1份给台湾，供奉在台湾新建的玄奘大学。

　　世事变迁，北京分得的那份顶骨在“文革”中散失，广州分得的顶骨也最终不知去向。

　　成都分得的顶骨最初供奉在成都南郊近慈寺。新中国成立后，川北行署领导张秀熟与四川大学教授蒙文通怕顶骨散失，写下公函派工作人员将顶骨保存到博物馆。1962年，成都大慈寺开放，又将顶骨供奉寺中。1966年，顶骨移送到成都文殊院。“文革”中，文殊院前任方丈宽霖法师为保护顶骨终日将其缠在腰间，这才使顶骨度过特殊时期，至今无损。

　　宗性大和尚说，现在世界上共存在8份唐僧顶骨。其中成都1份、南京2份、台湾2份，以及印度1份、日本2份。最近总数可能再增加1份，即西安从南京分得1份。